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孔氏的起源可以上溯到历史传说时期。远古皇帝时代已经有孔姓,因当时有个史官,叫孔甲,曾经作《盘盂》一书,但是因为孔甲之后没有孔姓世系资料,所以一般认为孔姓源于子姓,而源于子姓之孔又有三种说法:第一、 跟据宋代的《广韵》记载,契是商族的始祖,为子姓,历经十四代,传到成汤,灭下桀,建都于亳。成汤是一个圣明的君主,其子孙中有一支以商族的姓"子"以他字中的"乙"组合起来定为姓氏就是孔氏。第二、 据唐人林宝《元和姓篡》所说,西周初期,由殷绉王的哥哥微子启建立的宋国,为子姓。微子启死后,其弟衍继位。其曾孙的玄孙正考父,是宋国上卿。其子名嘉,字孔父,史称孔父嘉。春秋时期孔父嘉的后代,以孔为氏,就形成了这支孔氏。第三、 另据《姓考》等书的记载,春秋时期郑国(今河南新郑)有出自姬姓的孔氏,卫国(今河南滑县东)有出自古佶姓的孔氏,陈国(今河南淮阳)有出自妫姓的孔氏。
孔姓最初的发源地之一应该在今天的河南商丘一带。到孔父嘉的后代因为避祸逃奔到鲁国,并且在鲁国定居了下来,可以是算是孔氏的第一次东迁了。这次东迁意义很大,以至后世鲁地竟成了孔氏繁衍的居住地。从汉代开始,随着孔子地位的不断提高,孔氏逐渐发展成为一个显赫的家族。但是,由于官职调遣、战乱等的原因,有许多人从今天的山东、河南向其他省迁徙。西汉时,孔子襄曾任长沙太守,孔氏还有迁至今陕西的。东汉时,河北、河南、广东都有孔氏家族的足迹,东汉末孔潜一族在浙江绍兴发展为望族。北宋末年靖康之变的时候,中原孔氏有一支随宋氏南渡,赐地衢州。宋、明时期,北方的山西、辽宁等省,南方的江苏、云南、贵州、四川等省都有孔氏之族。清代以后,孔氏不仅遍布全国各地,而且有不少人移居海外。今天美国、加拿大以及东南亚、西欧一些国家都有孔姓华人。