据《世说新语》记载：“支公好鹤，住郯东峁山，有人遗其双鹤。少时翅长欲飞，支意惜之，乃铩其翮。鹤轩翥不复能飞，乃反顾翅，垂头视之，如有懊丧意。林曰：‘既有凌霄之姿，何肯为人作耳目近玩？’养令翮成，置使飞去。”支遁好鹤、养鹤、剪鹤、放鹤的全过程，表现了他体贴仁厚的爱心，同时也告诉了人们什么才是真爱。
    他著有《释即色本无义》《道行指归》（并见《出三藏记集》卷十二），原书现已亡佚，但由书名估测，必定是解说《般若》的著作。还有《圣不辩知论》《辩三乘论》《释蒙论》等也已亡佚。他还曾就大小品《般若》之异同加以研讨，写成《大小品比照要钞》，但原书也不存在了。《出三藏记集》卷八还保存着这部书的序。
    他是建议彻悟的一个人。南齐刘虬《无量义经序》论彻悟说：“寻得旨之匠，起自支安。”《世说新语·文学篇》注引《支法师传》：“法师研十地，则知彻悟于七住。”因为他建议到第七地生起彻悟，七地以上尚须进修，因而又称为“小彻悟”。如慧达《肇论疏》说：“第二小彻悟者，支道林师云，‘七地始见无生’。”
    公元361年至364年，云集于会稽的名士或入仕或去世，文化中心已不在会稽而在晋朝京师建康。晋哀帝崇尚佛教，故在其登基后，召天下高僧进京。在这种形势下，支遁离开剡县，应皇帝征召进京，在建康东安寺弘扬佛法。
    但是晋哀帝虽崇尚佛教，却又沉溺于黄老方术。《晋书》卷八《哀帝记》曾有记载“（哀帝）服食过多，遂中毒”。他不懂佛家正道，其心中佛教属神秘方术。支遁看到晋哀帝倡佛背后的无知，上书告辞曰：“上愿陛下，齐龄二仪，弘敷至化。去陈信之妖诬，寻丘祷之弘议，绝小涂之致泥。”因身染疾病，在入京3年之后，即公元365年，支遁返回剡县石城山栖光寺隐居，直至圆寂。
    由于支遁在东晋思想界的巨大影响，对他的圆寂，时贤表现出深切的哀悼，“郗超为之序传，袁宏为之铭赞，周昙宝为之作谏，孙绰《道贤论》以遁方向子期”……后来，戴逵行经过他的墓前，叹曰：“德音未远，而拱木已繁，冀神理绵绵，不与气运俱尽耳。”支遁在中国佛教史上的意义，当数郗超看得最为清楚，他的评价是无以复加的：“数百年来，绍明大法，令真理不绝，一人而已！”