原来，早在唐高宗显庆元年，宰相李义府恃宠而骄，怂恿属下大理寺丞毕正义私自将罪妇淳于释放，欲纳为小妾。此事被同僚告发，惊动朝廷。唐高宗颁旨，命刘仁轨负责查办此案。李义府惧怕事情败露，为了保全自己，就将毕正义逼死。刘仁轨不负皇恩，秉公办案，却因此得罪了李义府，几次欲置他于死地。几年后，刘仁轨统帅水军监督海运，负责唐军的后勤保障。其时海上风高浪急，气候恶劣，不宜渡海作战。心怀叵测的李义府却再三催促刘仁轨率军出海，结果遭遇台风袭击，导致船毁人亡，损失惨重。刘仁轨被罢官入狱，朝廷派监察御史袁异式审理此案。李义府暗示袁异式说：“君能办事，不忧无官。”李义府想借属下之手除掉后患。袁异式知道刘仁轨是忠臣良将，不忍心加害，便将实情相告：“君与朝廷何人为仇，宜早自为计。”李义府见一计不成，又对唐高宗进谗言：“不斩仁轨，无以谢百姓。”舍人源直心看穿了李义府的阴谋，在一旁仗义执言，禀报唐高宗曰：“海风暴起，非人力所及。”高宗明辨是非，遂将刘仁轨罪责赦免，以白衣随军自效。
    此次刘仁愿出行前，李义府再次找到他，示意他趁机除掉刘仁轨。刘仁愿与刘仁轨曾经并肩作战，在白江口海战中大胜倭寇，他敬重朝廷忠臣，再次力保刘仁轨逃过一劫。
    麟德二年，唐高宗御驾泰山，举行祭祀活动。刘仁轨率新罗、百济、耽罗、倭国等四国使者见驾。唐高宗见诸国归顺、天下太平，龙颜大悦，钦命刘仁轨为大司宪，后又兼检校太子左中护。
    东北边境得以安定，刘仁轨凯旋后晋爵为公，任尚书左仆射。
    四
    麟德三年七月，刘仁轨出任右相，被封乐城县男。他主政后，此前审理过他案件的人，以为会遭到打击报复而惴惴不安。而他却不计前嫌，大公无私，任人唯贤，将曾经审办过自己的袁异式升为詹事丞。当时朝野议论纷纷，有人善意提醒刘仁轨谨慎行事，他不为所动，又推荐袁异式担任司元大夫。监察御史杜易简知道此事后感慨地说：“斯所谓矫枉过正矣！”
    麟德五年正月，刘仁轨出任辽东道副大总管，统军出征高丽。后又改任熊津道安抚大使，兼公式江(今朝鲜大同江)道总管。同年9月，唐军长驱直入，一举攻占平壤，俘获泉男建。至此，高丽全部平定，朝鲜半岛均为大唐所辖，刘仁轨与薛仁贵奉命留守平壤。
    此后，朝鲜半岛再次出现危机。唐军攻高丽钳牟岑之战时，新罗王金法敏收纳反唐余部，趁机占领百济故地，派兵防守，阻遏唐军。唐高宗任命刘仁轨为鸡林道大总管，以卫尉卿李弼、右领军大将军李谨行为副大总管，率军征伐。刘仁轨挥军渡瓠卢河，大破新罗兵于七重城(金城北)，又以公式公式兵渡海进攻新罗南境，斩获甚众。刘仁轨率唐军所向披靡，再次平定朝鲜半岛。
    刘仁轨班师回朝，因功晋爵为公，子侄三人，皆授上柱国。家乡百姓以此为荣，将所居之地称为“乐城乡三柱里”。同年八月，刘仁轨再次被任命为尚书左仆射，同中书门下三品如故，兼太子宾客，负责改修国史。
    唐高宗晏驾后，武则天亲政，刘仁轨作为前朝元老，被加官晋爵。其后，武则天废皇太孙李重照为平民，颁昭于刘仁轨：“昔汉以关中事委萧何，今托公亦犹是矣。”她令刘仁轨专门主管西京留守事务，并加授为特进，专知京都留守事。刘仁轨目睹武则天独断专行，以年老体弱为由请辞，不愿为其效力。
    公元685年3月2日，刘仁轨因病去世，享年85岁。
    武则天停朝3日，令京城各级官员前往府邸吊唁，追赠刘仁轨为开府仪同三司、并州（今太原西南）大都督，陪葬乾陵，赐其家实封三百户。
    纵观刘仁轨的一生，由出身贫寒的农家子弟，到出将入相的四朝重臣，其间经历隋末之乱和贞观之治，于宦海浮沉中几经遭贬，又否极泰来。他饱经忧患、宠辱不惊，晚年涌流急退，潜心做学问，将所见所闻撰写为《行年记》一书，还撰写了《永徽留本司格后本》十一卷。