河州地处西北边陲，远离北宋政权统治的中心。为了加强对边远州军的控制，宋太宗时常会派武德司（后更名皇城司）的将卒充当特务，秘密去侦察河州等地的动静。当时一名化了妆的武德卒被俘虏，王嗣宗经过一番审讯，得知他是太宗亲自派遣的密探，就下令把他抓起来，戴上枷锁械送到京师开封。他同时上奏说：“陛下不委任国家贤俊之士，却依武弁为耳目，偏听偏信，这种做法不高明，我不敢苟同！”太宗对王嗣宗骄横的语气很不满，一怒之下又派专使去逮捕王嗣宗，并罢去他的官职。
    不久，太宗大赦天下，王嗣宗也得以复官，改授秘书丞、澶州（治所在今河南濮阳）通判。宋代，茶、酒、盐等生活必需品都是由国家专卖，不允许民间私售，每年的榷茶、榷酒、榷盐收入在国家财税收入中所占的比例很高，成为国家税收的重要组成部分。王嗣宗在任职期间却发现，澶州官府专门用来卖酒的容器偏小，每斗比太府寺规定的要少三升。法律规定：民间私自酿酒三石以上要被处以死刑。既然地方官府容器偏小，若用它来衡量，一些私自售酒不足三石、原本不该被处死的人，也会面临杀头的危险。而且，这种情况不仅仅出现在澶州，其他诸路州军也有类似的问题。王嗣宗上书朝廷，详细诉说了地方官府在榷酒过程中出现的问题，要求朝廷下诏各地，全部按省斗（即太府寺所定的斗）标准来量刑定罪。太宗采纳了他的建议。
    拆毁神庙 利国利民
    在古代，人们由于对许多自然现象缺乏认识，就产生了宿命的思想，相信上天的意志，迷信鬼怪神灵，这在当时的士大夫中也很普遍。可王嗣宗却偏偏不信，他在担任江浙荆湖发运使期间，听说扬州、楚州地区的老百姓有病不求医，而是去窄家神庙求神拜佛，很多人因延误救治时间而死亡。于是，他就派人拆毁窄家神庙，同时选择一些治病良方，将其刻石于州门上，劝老百姓有病要就医，使当地的民风发生了很大的改变。
    真宗朝，王嗣宗出任邠州（治所在今陕西彬县）。邠州境内有一座卧龙王庙，一到冬天，州内的家家户户、男女老幼都要前去庙内烧香拜神。西北地区的冬天风雪交加，特别寒冷，衣着单薄的穷苦家庭里的老人、小孩往往因饥饿寒冷而倒毙于途中。卧龙王庙为何有如此大的诱惑力，能吸引民众不顾生命安危而趋之若鹜呢？
    据说，卧龙王庙能够显灵，白天供奉的祭品每到夜晚都会被全部吃完，就连前几任的知州在上任前也要先到庙内拜神。王嗣宗当然不相信，他认为这一定是庙祝在捣鬼，但要破除百姓对卧龙王庙的迷信，还必须要有充分的证据。王嗣宗经过一段时间的明察暗访，找到了遭遗弃的庙祝的妻子，从她口中了解到了实情。原来，卧龙王庙正殿后面另建有一个密室，密室地下有一大洞，里面饲养了一群专吃祭品的狐狸。所谓“神已享用”的祭品实际上是被狐狸吃光了。
    在掌握了确凿证据后，王嗣宗便选定一个日子，召集附近的州民相聚于卧龙王庙，然后打开密室，将燃烧的柴火扔进密室下的地洞里。顷刻间，洞中的狐狸纷纷往外逃窜，全被聚集的民众擒获，杀戮无遗。州民得知实情后大呼上当，王嗣宗就当场命人拆毁卧龙王庙，危害民间的又一祸端被革除。
    王嗣宗揭发种放沽名钓誉，向朝廷要官做；揭穿骗局，拆毁窄家神庙和卧龙王庙，这些举措都称得上是利国利民的大好事，得到了当地民众的拥护。民间百姓编了顺口溜来称赞他的义举：终南隐士声名歇，邠上妖狐巢穴空。二事俱输王太守，圣朝方信有英雄。
    王嗣宗不信鬼不信神，他得病后看见家人依照旧俗烧纸钱，为自己祈神去病，就笑着对家人说：“世上有何等鬼神，敢向王嗣宗索取枉法贪赃钱财？”他敢于向鬼神挑战，这在1000多年前的封建社会是非常难能可贵的。
    三朝为官 真宗眷顾
    咸平三年（公元1000年），王嗣宗因为在发运使任上的工作卓有成效，受到宋真宗的嘉奖，升太常少卿。第二年，迁右谏议大夫（从四品）、三司盐铁使，管理国家榷盐、冶铸等方面的财政税收，责任重大。针对当时冗费太多，国家财政已陷入困境的实际状况，王嗣宗提出了节省开支、量入为出的积极方案，得到真宗的认可与采纳。在这一方案中，王嗣宗特别针对朝廷在举行郊祀大礼时的浪费现象，列出了具体可省、并的项目，为国家节省十万六千件杂物器具的消耗，节省民力九万九千工。
    王嗣宗每到一地都能勤政爱民，政绩突出。他先后在太祖、太宗、真宗三朝任职，仕至枢密副使，为国家最高军政机关的副长官，称得上是朝廷的“宿旧大臣”。王嗣宗又是一个个性鲜明的人，他身上的缺点也如同优点一样，十分明显。他性傲且狠，对人不够宽容，责人太严而责己过宽。
    按宋制，官员年七十就要致仕（退休），王嗣宗在任御史中丞期间，宋白、郭贽、邢昺等老臣年过七十，却不主动上书请退，他非常不满，多次上奏要求真宗降诏，责令他们致仕。可是，等到自己晚年疾病缠身时，却又留恋仕途，“徘徊不去”，遭到大臣们的非议。他自己也曾对人说：“我平生唯不愿退休一事，未能免舆论非议。”
    天禧五年（公元1021年），王嗣宗病逝，享年78岁。真宗闻讯十分悲伤，下令文武百官辍朝一天，以表示对他的悼念。
    真宗眷顾王嗣宗，赐谥景庄，并颁诏录用他的两个儿子、两个外甥为官。