康熙元年（1662年）十月，周亮工被任命为青州海防道，并于次年到山东青州上任，他在青州任上干了三年多，到了康熙五年（公元1666年），又被任命为江南江安督粮道，在这里又干了三年多。谁知祸事又一次找上门来，康熙八年（公元1669年）十月，周亮工又一次被弹劾，革职逮问论绞。虽于次年再次遇赦得释，但周亮工对仕途和人生已是心灰意冷，出狱后，他焚毁了平生著作。焚书后，周亮工着手整理平生收藏之印章印谱，编撰出在中国篆刻史上影响巨大的著作《印人传》。
    康熙十一年（公元1672年）六月，周亮工在南京病逝，终年61岁。
    学者、收藏鉴赏家周亮工
    周亮工生活在一个动荡的年代，人生的道路充满坎坷，他有很高的文化品位和艺术鉴赏力，是明末清初一位著名的学者，也是著名的书法家和收藏鉴赏家。周亮工是一名官吏，他每到一地，总能吸引那些文人和艺术家，形成他周围的文化艺术交流圈子。周亮工交往面比较广，除了和官场上的文人朋友交往以外，他还能和大量拒不仕清的明末遗民建立起深厚的友谊，得到大家的尊重。在他的友人中，既有著名的大学问家，如钱谦益、吴伟业、王士祯、龚鼎孳和吕留良等人，也有书画家如陈洪绶、髠残、程邃等人。这些人到一起就进行诗书画的交流活动，周亮工也常向人索取和交流，所以他收藏极丰富。
    明末清初的杰出画家陈洪绶（公元1598年~公元1652年）是周亮工一生的好朋友。明朝灭亡后陈洪绶成为拒不仕清的遗民，周亮工成了清朝的官吏，这也没有妨碍他们之间的友谊。陈洪绶各个时期赠予周亮工的画作很多，包括人物、山水、花鸟等，都是非常精彩的杰作。顺治七年（公元1650年）周亮工自京返闽途中，和陈洪绶相见于杭州，陈洪绶主动为周亮工作画，他夜以继日，一连画了11天，共作画42幅，这些画成为周亮工终生珍藏的宝贝。后来，当周亮工被捕入狱，还有可能被判死罪时，他还关心这批画的安危，安排送给可靠的朋友妥善保存。
    周亮工非常关心和喜爱印章与篆刻艺术，他交往的友人中，也有不少“印人”即篆刻家。他传世的著作中，有两部是关于篆刻艺术的，一部是《赖古堂印谱》，一部是《印人传》。《赖古堂印谱》是周亮工本人所收藏的印章汇集，包括自用印和其父、其弟及儿辈等用印，共收钤印1550方，是我国古代一部著名的印谱。
    《印人传》是周亮工的一部重要著作。康熙九年（公元1670年）二月，周亮工在南京候审期间，焚毁了他平生著作。这次焚书也没有烧掉他对篆刻艺术和印章的爱好，还在继续进行《印人传》的编撰。这部在中国篆刻史上有重要意义的《印人传》，在周亮工去世后次年，由其子周在浚付梓刻印成书，成为周亮工一生的绝唱。
    《印人传》记录了明末清初的“印人”和文人印章，填补了此前“印人无传”的空白，具有很高的学术和史料价值。《印人传》中有明末清初时篆刻家传记68篇，还有“印人姓氏”61则，其中既有当时著名的文人篆刻家，也有名不见经传的民间印人。《印人传》是中国历史上第一部记录印人（篆刻家）的著作，周亮工在书中饱含深情地对印人进行歌颂，肯定了印人的文化地位和艺术地位，开印人传记之先河，在中国篆刻史上具有深远的影响。《印人传》中把篆刻从匠人技艺提高到文化艺术的层次，使篆刻成为一门独立于书画之外的专门的艺术形式。周亮工在书中对印章的艺术性进行了探讨，丰富了其文化内涵，提高了其学术地位。另外，《印人传》记录了明末清初大量印人的生平及事迹，保留了珍贵的历史资料，具有重要的文献价值。现代美术家傅抱石因此称周亮工为“中国印学史上最有关系而又最有贡献之人”。