崇祯十六年（公元1643年），明朝廷“举天下廉卓行取入京师”，就是选拔官吏中清廉且有为者到北京，予以重用，周亮工入选。潍县百姓恋恋不舍地为他焚香送行，一直步行送他到德州。
    周亮工在京城候选期间，社会发生了巨变。崇祯十七年（公元1644年）春，当他被授予浙江道监察御史，还未离京上任时，三月十九日，李自成的农民军攻破北京，崇祯皇帝自缢煤山，明王朝宣告灭亡。周亮工匆匆逃出北京，回到南京家中，他见南明弘光小朝廷成不了气候，就和双亲一起隐居山中。
    清顺治二年（公元1645年），清兵下江南，急于招降明朝旧官吏。这时的周亮工既没有杀身成仁、以身殉职，也没有隐居深山、做个遗民，而是投降了清朝。
    周亮工降清后，被授予两淮盐运使，后改授盐法道，负责管理两淮的盐务，这是旧时政权财政收入的主要来源，其官衙就设在扬州。
    扬州刚刚经历了一场浩劫。四月，南明弘光朝兵部尚书史可法率兵在扬州抵抗清兵，经过激烈战斗，扬州陷落，史可法被俘英勇就义。就在扬州断壁残垣、尸横遍野之时，周亮工却在这里做了清朝的官员。
    顺治三年（公元1646年），周亮工又升任淮扬海防兵备道。平心而论，周亮工在扬州为当地老百姓做了不少好事，他恤遗黎、抚凋敝、置义冢、收白骨、禁告密、罢营房，这些措施医治平复扬州百姓的身心创伤，使战后残破的扬州得以休养生息。周亮工又千方百计恢复经济，发展实业，使百姓生活得到改善，也使清政府盐税增加了收入。扬州百姓为了感其恩德，为周亮工在扬州立生祠表彰。他在扬州广泛结交文人雅士，参与文化活动，对扬州文化事业的恢复发展起到了推动作用。
    顺治四年（公元1647年），清政府为了表彰周亮工，升任他为福建按察使。离开扬州时，当地“百姓倾城遮留”。
    福建的情况比扬州更复杂，当时南明抗清的战火尚未完全平息，还有各种武装势力纷扰其中。周亮工要去福州上任，却被战火阻挡在途中。周亮工在光泽、邵武等地，遇到“乱军”攻城，他组织当地官兵且战且守，稳定了局势。从当年初冬一直到次年初夏，周亮工半年的时光都在战乱中度过。直到顺治五年（公元1848年）夏天，他才到达省会福州。次年，周亮工先以按察使署理兵备、海防、督学三道事，到了五月，升为福建右布政使。
    周亮工在福建任职八年，勤恳做事，得到清廷的赏识，顺治十一年（公元1653年），他被擢升为督察院左副都御使。并于次年初赴北京上任。到了三月间，他又升为户部右侍郎。周亮工此时是春风得意、官运亨通。谁知好运不长，这年六月，福建总督佟代参劾周亮工在福建贪赃枉法。周亮工一下子就陷入这场空穴来风的官司之中。
    清朝廷对投降归顺的汉族官员一向猜忌提防、处罚严厉、毫不留情，有了这个参劾，不管是否属实，立即对周亮工“奉旨解任后勘”，撤职查办。到了年底，把周亮工押送回福建“质审”。周亮工被押回福建后，告他御状的福建总督佟代已被罢官离开福建。周亮工罪名“得赃四万余两”无法落实，案子又放在那里吊了起来。这时郑成功率军围攻福州，周亮工受福建巡抚之请，出谋划策，并亲临战场指挥，击退了郑成功军，巡抚为此为周亮工上报了“首功”。但这功劳也没有让朝廷对周亮工将功折罪，该质审还要质审。
    顺治十四年（公元1657年），福建按察使进行五堂会审，审理的结果是，周亮工被参劾之事“皆莫须有”。顺治十五年（公元1658年），新任福建巡抚对周亮工案不敢负责任，入奏于朝，朝廷“诏逮下刑部复讯”。周亮工离闽时，福州百姓为其鸣不平而罢市，“阖城痛哭狂奔”，士子相送赋诗。这次，因此案被抓捕的官民有百余人。
    周亮工六月离开福建，一路奔波，到了十一月才到达北京，他在京城刑部大牢一呆就是两年多，在这里多次被审讯，差一点儿被斩首。到了顺治十八年（公元1661年）正月，顺治皇帝驾崩，天下大赦，周亮工才获赦出狱。