明嘉靖三年（1524年），《清明上河图》转到长洲人陆完手里。明代李日华《味水轩日记》记载：陆完死后，他的夫人将《清明上河图》缝入枕中，视如身家性命，连亲生儿子也不得一见。陆夫人有一娘家外甥王某，擅长绘画，更喜欢名人书画，便挖空心思向陆夫人央求借看《清明上河图》。反复恳请后，陆夫人勉强同意，但不许他带笔砚。王某欣然从命，往来两三个月，竟临摹出一幅有几分像的画来。当时专横跋扈的大奸臣严嵩正四处搜寻《清明上河图》，都御史王忬便花800两纹银从王某手中购得赝品，献给严嵩。在严嵩设宴欢庆时，其府上装裱匠汤臣将图上旧色用水冲掉，严嵩在众人面前大为窘迫，此后便寻机将王忬害死，临摹此画的王某也被抓去饿死狱中。实际上，陆完死后，其儿子急等钱用，便将《清明上河图》卖至昆山顾鼎臣家，后被严嵩父子强行索去。后严嵩落败，家产被籍没，《清明上河图》再入宫廷。 
    到了清代，《清明上河图》先由陆费墀（安徽相乡人）收藏。陆费墀是乾隆时进士，他得图后也在上面钤印题跋。后被毕沅购得。毕沅（1730～1797年），镇洋（今江苏太仓）人，乾隆二十五年（1760年）中进士。毕沅生平喜爱金石书画，家中收藏颇为丰富。他得《清明上河图》以后，与其弟毕泷（清代收藏鉴赏家）同赏，现今画上有两人印记。 
    毕沅死后不久，湖广人民反清。清廷认为毕沅在担任湖广总督期间，“教匪初起失察贻误，滥用军费”，不但将毕家世职夺去，而且将其全家百口全部杀掉，家产也被抄没入宫。《清明上河图》因此被收入紫禁城迎春阁内。 
    清嘉庆帝对《清明上河图》珍爱有加，命人将它收录在《石渠宝笈三编》一书。此后，《清明上河图》一直在清宫珍藏，虽经历了1860年英法联军以及1900年八国联军两度入侵北京，洗劫宫室，均逃过劫难，未曾受损。 
    1911年以后，《清明上河图》连同其他珍贵书画一起，被清末代皇帝溥仪盗出宫外，先存在天津租界张园内。1932年，溥仪在日本人扶植下建立伪满洲国，于是，这幅名画又被带到长春，存在伪皇宫东院图书楼中。 
   1945年，解放军干部张克威通过当地干部收集到伪满皇宫流散出去的珍贵字画十余卷，其中就有《清明上河图》。1948年，张克威调到东北行政委员会工作。临行前，他将这十余幅卷轴交给了当时开辟东北革命根据地的主要负责人之一林枫同志。 
    《清明上河图》经林枫之手进了东北博物馆，后来又调到北京故宫博物院珍存。但在“文化大革命”中，林彪“四大干将”之一李作鹏曾利用权势将《清明上河图》强行从故宫博物院“借”出，据为己有。林彪倒台后，《清明上河图》重见天日，如今依然珍藏在故宫博物院。 
    宋本、明本和清院本 
    《清明上河图》自问世后，声名显赫，广受青睐，仿摹者众多，各地公私藏家手中还有许多摹本和伪造本。有人统计，现存《清明上河图》有30多本，其中大陆藏10余本、台湾藏9本、美国藏5本、法国藏4本、英国和日本各藏1本，仅台北“故宫博物院”就藏有7本。有关各种版本有各种不同的说法，但专家比较认可的几种存世版本有宋本、明本和清院本。 
    宋本的作者张择端，现藏于北京故宫博物院，所以被称为《清明上河图》故宫藏本。《清明上河图》是中国绘画史上最著名的作品之一，不但艺术水平高超，而且围绕着它还流传下来许多有趣的故事。绘画史上名为《清明上河图》的画幅很多，但真本毕竟只有一幅。经过众多学者专家对这一专题研究，大家意见基本一致，都认为现藏北京故宫博物院的这幅是北宋张择端的原作。其他的同名画作，均为后来的摹本或伪托张择端的臆造本。 
    明本又称“仇英本”。仇英是明代著名画家，“吴门四家”之一。他根据“清明上河”这一题材，参照宋本构图结构，以明代苏州城为背景，采用青绿重设色方式，重新创作了一幅全新画卷，风格与宋本迥异。“仇英本”也是后世众仿作鼻祖，明人笔记载，当时各种以此为蓝本的仿作层出不穷，一时间成为达官豪门相互馈赠的高档礼物，被称为“仇英仿本”，现藏台北“故宫博物院”。如今互联网上流传的很多清明上河图全景图其实就是这个版本的作品。 
    清院本是在乾隆元年（1736年）由清宫画院5位画家陈枚、孙祜、金昆、戴洪、程志道合作画成，可以说是按照各朝的仿本，集各家所长之作品，再加上明清时代特殊风俗，如踏青、表演等娱乐活动，增加了许多丰富的情节。画的事物繁多，虽然失去了宋代古制，却是研究明清之际社会风俗不可或缺的材料。同时，由于受西洋画风影响，该画作街道房舍均以透视原理作画，并有西式建筑列置其中。此卷用色鲜丽明亮，用笔圆熟细致，界画桥梁、屋宇、人物皆细腻严谨，是院画中极精之作。这个版本现存于台北“故宫博物院”，被称为清院本《清明上河图》。 
    对于这卷传世精品，后世有各种评价。《中国通史（彩图本）》对《清明上河图》的评价：技法娴熟，用笔细致，线条遒劲，凝重老练。反映了高度精纯的绘画功力和出色的艺术成就。同时，因为画中所绘为当时社会实录，为后世了解研究宋朝城市社会生活提供了重要的历史资料。 
    《简明不列颠百科全书》对张择端的《清明上河图》评价：是一幅具有重要历史价值的风俗长卷，画家成功地描绘出北宋东京城内及近郊在清明时节社会各阶层的生活景象，主要表现的是劳动者和小市民。对人物、建筑物、交通工具、树木、水流之间的相互关系的处理，非常巧妙，整体感很强，具有极大的考史价值。此后历代绘制的都市风俗画，无不受其影响。 
    画里画外谜团多 
   《清明上河图》在金代就已经被争相收藏，所以历代的“山寨版”不在少数。到了明代，《清明上河图》有近200年在民间收藏，人们对这幅名作有所耳闻又难得一见，所以揣测就多了起来。 
    历史上对张择端创作《清明上河图》的年代以及“上河”一词曾有过一些争论。画中描绘的是清明时节，从金代以来，似无异议。明代的《味水轩日记》中记载，这幅画不但有宋徽宗的瘦金体题签、双龙小印，并且还有宋徽宗的题诗，诗中有“水在上河春”一句。这样一来，这画卷描绘的是春天景色就更不用怀疑了，近代及当代美术史家郑振铎、徐邦达、张安治等均主“春景”之说。但是，也有人对此提出异议。