军医一计降敌酋
    同治十年(公元1871年)九月，左宗棠进驻安定(今甘肃定西)，派刘锦棠部攻打马化龙老巢金积堡(今宁夏吴忠金积镇)，派傅先宗、杨世俊、徐文秀部攻占马占鳌老巢太子寺。
    次年正月，马占鳌叛军与湘军在太子寺举行决战，湘军大败，傅先宗、徐文秀等17位大将阵亡，杨世俊率残部退往高家集，马占鳌亲自带兵围攻高家集。
    这是一个并不大的集镇，城防不太坚固，加之弹药不足，守军人心惶惶。这时，朱崑珍献计，制造毒箭以迎敌。杨世俊听从其计，由他用特殊毒药炮制了一批毒箭。叛军进攻之时，毒箭齐发，马占鳌左臂中箭，疼痛难忍，只得停止进攻。
    这时，刘锦棠攻克马化龙老巢金积堡的消息传到敌营，马占鳌此时箭毒散发，生命垂危。杨世俊闻讯后，立即派人劝降，并送去解药。同时，应其所请，由朱崑珍率军医们为叛军伤者疗伤。马占鳌深为感动，决定投降。几日后，马占鳌自缚其臂，到安定大帅行辕向左宗棠投降，声称“自今而后，愚民竭诚尽忠，永不叛变”。至此，马占鳌之乱平定。
    杨世俊将朱崑珍之功禀报给左宗棠，左宗棠奏报朝廷，朱崑珍成为太医院遣随营医官。当时，湘军的军医有两类，一类是太医院派的随营医官，属于官员;另一类是湘军招募的军医，属于技术兵。这样，朱崑珍开始了医官生涯。
    神医魂归万安山
    同治十三年(公元1874年)七月，湘军攻克肃州(今甘肃酒泉)，杨世俊阵亡，余部归属刘锦棠。白彦虎叛军在陕甘无法立足，逃入新疆，与阿古柏军合流。至次年初，陕甘叛乱全部平定，刘锦棠部驻守西宁。朱崑珍获准，回洛阳省亲。
    刚回洛阳三天，朱崑珍接到刘锦棠的急信，要求其立即骑马到兰州。原来，左宗棠受命为督办新疆军务的钦差大臣，刘锦棠担任总理西征大军的营务事宜，准备收复新疆。但是，在从西宁弛往兰州途中，刘锦棠因过急而落马，左腿骨折。朱崑珍到达兰州，彻底治愈其疾。至此，军中称朱崑珍为神医。朝廷任命朱崑珍为随营病院诊察长，即西征大军最高医官，这是正五品军队文官之职。
    西征大军收复新疆后，朝廷任命刘锦棠为新疆巡抚，并在重要城市驻军。朱崑珍则奔波于新疆各地，为驻军和各族民众治伤疗疾，一直未回洛阳。光绪二十五年(公元1899年)，56岁的朱崑珍病逝于吐鲁番军营。
    朱崑珍的家庭情况如何呢?民国大儒高祐写的《朱崑珍墓碣铭》记载得很清楚。他早年丧母，娶妻魏氏，魏氏有贤德，对朱父甚孝。朱崑珍从军不久，魏氏生下一子，名朱玉良。而朱家只有“田一亩，破瓦屋两间而已”。魏氏一人操持家务，为朱父养老送终，将幼子养大成人，并请名师教之。朱崑珍为官清廉，还经常用自己的薪俸买药施舍。朱玉良年长后，曾到新疆去看过父亲一次。父亲去世后，朱玉良再到新疆，扶榇(chèn)东归，葬于万安山北麓。《朱崑珍墓碣铭》曰：“走万里路，无数亩田。忧国献身，遂老于番。仰事俯畜，孺人之贤。”赞美了朱崑珍的爱国之举和魏氏奉老爱幼的高尚品德。