到北宋后的金，汴京文庙已从与太学、国子监的混合体中独立出来，这在李濂的《汴京遗址志》中有明确的记载。金代贞年间，金人为抗御蒙古将原东京内城扩大，北宋时太学旧址原在朱雀门外附近，由于在扩城的拆迁范围之内，被迁移进内城的东南城下，名称也由太学改为文庙。对此时的文庙，宋末元初周密所撰的一部史料笔记《祭辛杂识》中有生动的史事传闻记述：“文庙居汴水南，面城背河，柳堤莲池，尚有璧水遗意。”又曰：“汴京天津桥上，有奇石一大片，上有自然华夷图，山青水绿、河黄路白，粲然如画，真异物也。近闻移置汴京文庙中作拜石矣。”这两段文字，不仅让我们窥视到开封文庙诗情画意般环境的一瞥，还是我们看到的史籍中最早的“汴京文庙”。这座居汴水之南，金贞元年（1213年）的汴京文庙，在元至元元年（1264年）改建为汴梁路学，此后学庙屡遭洪水淹没，先是元至正四年（1344年）黄河决口汴梁，学宫被淹；明洪武三年（1370年）改称开封府儒学，洪武二十年（1387年）、二十三年（1390年）河决开封，府儒学两次被淹；明永乐五年（1407年）开封府儒学移建于丽景门（宋门）内西北，明天顺五年（1461年）黄河决口土城，开封城内洪水深丈余，府儒学又被淹没；明崇祯十五年（1642年）官军先决口黄河，水淹闯王农民军，后闯王农民军决口水淹明官军，开封全城毁灭，文庙随之全部淹没于地下，直到清顺治九年（1652年），开封知府朱之瑶将文庙移至今文庙街处。其间，开封府文庙达到了北宋之后的又一个昌盛期。据《开封市胜迹志》载：“当时文庙内有大成殿七大间，非常高大（殿内敬塑孔子、四配、十二哲之像）。孔子像前竖有‘大成主圣先师孔子神位’，孔子像头戴十二旒冠冕，身着十二章王服，手执镇圭。四配为：复圣颜回、宗圣曾参、述圣孔、亚圣孟轲。——笔者据史料记），东西庑各七间，后有启圣祠三间，前有戟门三间，棂星门三间，外为泮池，左右建‘圣城’‘贤关’二牌坊，街东西建‘德配天地’‘道冠古今’二牌坊。”其中棂星门、泮池是全国文庙统一的标志物。开封府文庙的泮池石栏环绕，是标准的半圆孤型，不知为何距北移前的棂星门就超常之远，位置在原开封一高红楼后边学校后墙处，上个世纪50年代尚有泮池栏柱在。老一高的师生都为红楼及校北半部地形明显低洼不解，不知是否与泮池有关。旧时地方学宫称为泮宫，儒生考取府县儒学生员即所谓秀才，名为入泮或游泮，由来于此。清代的开封府文庙，可谓建筑“巍乎焕然”，庙学“仪冠中州”。谁知还是难逃洪祸之灾，走向末路。张家顺先生在《重修文庙碑廊记》（2014年10月10日）中感叹：“惜道光时，又遇水患，庙学毁败。”

    北宋以后的开封府文庙，三移其址、六次被淹，悲哉，如此文圣之地为何遭此命运，已经不是传统的风水问题，不觉让人想起儒家著名的“天人合一”观，让人联想到古城开封的兴衰与黄河的关系。文庙六次被淹，全部是因黄河决口洪水进城。