庆历四年(1044年)仲夏时节，范仲淹的忠实支持者石介和富弼忽然成了一起“谋逆”大案的主角。面对这些指控，石介和富弼简直是丈二和尚摸不着头脑。事情是这样的：台官们不知从何处得到了一封据说是石介给富弼的亲笔信，信中的意思是，要把仁宗废掉，另立新君。石介根本没有做过这种事，当然不会承认。但那信上的笔迹，确实很像石介的字。宋仁宗当然不会相信，但面对证据也无可奈何。其实，这一切都是夏竦搞的鬼。由于范仲淹、欧阳修等人，他丢掉了枢密使一职，石介还说他是“奸魅”。受此奇耻大辱，夏竦当然不甘心，就唆使婢女模仿石介的笔迹。现在，这种模仿的笔迹终于派上了用场。
    这个案子一出现，各种各样的说法都有。有人甚至无中生有，说范仲淹的革新措施不是为了朝廷，而是为了个人揽权，扩大了相权就是为了架空皇上。作为皇上，宋仁宗对范仲淹他们是相信的、支持的，但他们干的事有这么多人反对，也是值得认真思考的。有些谣言，不可不信，也不可全信。但做皇上的，对一些可疑的事情必须防患于未然。既然双方闹得不可开交，那就把这些风口浪尖上的人物挪一挪地方。朝政革新嘛，也不急于一时，况且西夏人也不闹了，也乖乖地和大宋做起买卖来了，多一事不如少一事。仁宗历来是个好皇上。好皇上做事，总是要顾及大多数人，爱民如子不好做，爱官如子总能做到吧？这一切都做不到，息事宁人总可以吧？想到这里，仁宗心里就开朗了。富弼和范仲淹看出了皇上的意思，都主动要求去边地。仁宗一看他们这么知趣，便就坡下驴，批准了他们的请求。
    宰相章得象和副相贾昌朝，本来是范仲淹的同僚，当初皇上挺范仲淹时，这二位也挺范仲淹，皇上不挺范仲淹时，他们也就挺范仲淹的对手。做臣子的，要以皇上的意思为意思、以皇上之挺为挺，要悲伤着皇上的悲伤、痛苦着皇上的痛苦。范仲淹一离朝，风气大变，那些参与庆历新政的人，都倒了大霉。章得象和贾昌朝对革新人物当然是不会客气的，因为他们早就知道，范仲淹之流成不了什么气候。
    庆历五年（1045年）初，宋仁宗迫于压力，废除了所有的新政。皇上的这一措施立刻得到了高级官员们的拥护。不恢复祖宗旧制，子弟们有什么出路？该恩荫的还是要恩荫，该推荐的还是要推荐，子弟们出路不解决，做官的人有后顾之忧，就不能全心全意为朝廷服务。范仲淹之流，擅改祖宗法度，混乱朝政，理应受到惩罚。最终，范仲淹被贬为邠州（今陕西省彬县一带）知州。
    这时的范仲淹已近58岁，在古代，这个年纪可不算小了。冬天到了，刺骨的寒风呼啸，他的身体实在有些受不了。好在朝廷比较仁慈，把他调到邓州（今河南省邓州市）做知州，这里比邠州稍微暖和一些。其他参与庆历新政的人也都纷纷被贬，富弼到了青州（今山东省青州市），欧阳修到了滁州（今安徽省滁县），滕宗谅到了岳州（今湖南岳阳一带），
    皇祐元年（1049年），范仲淹被任命为杭州知州。他自己出钱买了千亩良田，田地的所有收入都用来资助贫困的范姓子弟，助他们读书，帮助他们进行婚丧嫁娶。
    皇祐三年（1051年），范仲淹又被任命为青州知州。这年冬天，他生病了。第二年（1052年），他又被调至颍州。皇命难违，他带病赴任。到徐州时，他实在支撑不住了，于五月二十（公历6月19日）辞别了人世，终年64岁。
    范仲淹一生清廉，家中已经没有什么积蓄。范仲淹逝世的消息一传开，大宋官民无不悲悼，就连西夏人都举行了哀悼仪式。范仲淹所任职之处，老百姓失声痛哭。根据范仲淹本人的遗愿，家人把他葬在了河南洛阳伊川。
    仁宗皇帝得知这个讯息后，哀痛不已，追赠范仲淹为兵部尚书，还亲自为范仲淹书写褒贤碑文。纪念范仲淹的碑文由欧阳修历经两年撰写而成。
    范仲淹才高八斗、才华横溢。他的《岳阳楼记》多次被编入大学、中学教材，其中的名句“先天下之忧而忧，后天下之乐而乐”由于境界高超，被人广为传颂。他的词作《渔家傲》《苏幕遮》等，苍凉豪迈、意境阔达，被人历代传诵。