五月二十一日，马英九就职后履新第一天，就召开记者会阐述其执政理念。一如外界所预期的，他在两岸政策上与陈水扁做了坚决的切割。与此同时，包括台当局“总统府”网站名称、台军口号在内的一些遭陈水扁“去中国化”的印记也悄然恢复原状。美国表示欢迎马英九降低台海紧张的做法。岛内媒体最新民调显示，七成民众认同其执政理念，但也有媒体提出，马英九面临很多挑战，如果不能按期交出令人满意答卷，恐将让民众期望落空。

　　据台媒报道，马英九在跟国际媒体见面时就“九二共识”、“入联公投”甚至台湾是否会发展核武等议题一一作答。媒体调侃说，马英九提前接受了媒体的“施政总质询”。据报道，对外界最关切的“九二共识”问题，马英九表示，两岸有“九二共识”的互信基础，未来他会以此为基础，并以两岸和平为前提，创造大陆和台湾双赢的环境。

　　由于记者会中国际媒体为数不少，台湾与一些国家的关系自然也成为焦点话题。除了秉承就职演说中强调的发展对美关系的基调外，马英九还提及台日关系。就“入联公投”问题，他说，由于“入联公投”闯关失败，根据台湾相关规定，同一题目三年内不能再举行“公投”，因此“短期内不会再举行人联公投”。他还表示，不会和大陆进行军备竞赛，台湾不会发展或购置核武。

　　除了在政策上与陈水扁区隔外，马英九还针对其前任的执政痕迹作“切割”。据报道，陈水扁下台后，“玉山宫邸”这四个字也走入历史。厉行平民作风的马英九已将“玉山官邸”更名为“中兴寓所”，而不论是寓所还是办公室，装修都以简朴为原则，“总统府”内不设厨师，马英九将在办公室内改吃盒饭。

　　5.20当天，台当局“总统府”的官方网站名称去掉“台湾”。此举招致绿营“立委”的狂批，称马英九开始“去台湾化”。此外，新任“国防部长”陈肇敏还指示台军从5.20日起将《青年日报》的报缝标语不再“为台湾的生存发展而战”。

　　不过，也有舆论认为，马英九要想带领台湾重新走向腾飞，“挑战就在前头”。香港中评社评论说，马英九的挑战在于要长期让各方都满意，堪称“不可能的工程”。《中国时报》则摆出了马上任后面临的朝野互动、两岸关系等五大挑战，并认为马英九必须在未来一年黄金期交出成绩单，否则“民众的期待恐将落空”。