小伦(周杰伦饰)与父亲(黄秋生饰)相依为命，父亲是淡江艺术中学的音乐老师，小伦自小在他的熏陶下，拥有非凡的音乐才华。
这天是小伦转读淡江艺术中学的第一天，当他跟着同学小依(曾恺玹饰)参观校园时，突被一段神秘的钢琴乐曲吸引。
小伦随着琴音引领，走进一间百年琴室，发现弹琴者是一位清秀脱俗的女生小雨(桂伦镁饰)，两人虽然没有交谈，但在四目交投之间，双方都泛起微妙的感觉。
原来小雨是小伦的同班同学，由于冒失的小雨上课时总是迟到，故经常被迫和坐在后排的小伦坐在一起，两人的感情因此突飞猛进，更到达互相分享秘密的阶段；但每当小伦问及那天在百年琴室所听到的神秘乐曲时，小雨总是模棱两可地回答：“那是一个不能说的秘密……”。
《不能说的秘密》是周杰伦自导自演的作品，喜欢周杰伦的朋友一定要捧场他的最新作品《不能说的秘密》了。