根据安排,参加此次两岸清明包机的航空公司包括大陆方面的国际航空、东方航空、上海航空、南方航空和厦门航空,以及台湾的“中华航空”、华信航空、长荣航空、立荣航空、复兴航空和远东航空。航点包括北京、上海、广州、厦门和台北、高雄6座城市。
从2日至8日,将共有21个包机航班往返两岸。其中,2日共有4个往返航班,分别是东方航空的MU5005/6航班(上海-台北-上海)、“中华航空”的CI7957/7972航班(台北-上海-高雄)、华信航空的AE7211/7202航班(高雄-上海-台北)、复兴航空的GE305/6航班(台北-厦门-台北)。